Dezajna skemo kaj solvo de polipeptida peptida ĉeno

I. Resumo
Peptidoj estas specialaj makromolekuloj tia ke iliaj sekvencoj estas nekutimaj en siaj kemiaj kaj fizikaj trajtoj.Kelkaj peptidoj malfacilas sintezi, dum aliaj estas relative facile sintezeblaj sed malfacile purigeblaj.La praktika problemo estas, ke la plej multaj peptidoj estas iomete solveblaj en akvaj solvaĵoj, do en nia purigo, la responda parto de la hidrofoba peptido devas esti solvita en ne-akvaj solviloj, Tial ĉi tiuj solviloj aŭ bufroj verŝajne estos grave malkongruaj kun la uzo. de biologiaj eksperimentaj proceduroj, tiel ke teknikistoj estas strikte malpermesitaj uzi la peptidon por siaj propraj celoj, tiel ke jenaj estas pluraj aspektoj de la dezajno de peptidoj por esploristoj.

Dezajna skemo kaj solvo de polipeptida peptida ĉeno
Due, la ĝusta elekto de sintezaj malfacilaj peptidoj
1. Totala longo de malsupren-reguligitaj sekvencoj
Peptidoj de malpli ol 15 restaĵoj estas pli facile akireblaj ĉar la grandeco de la peptido pliiĝas kaj la pureco de la kruda produkto malpliiĝas.Ĉar la totala longo de peptidĉeno pliiĝas preter 20 restaĵoj, preciza produktokvanto estas ŝlosila zorgo.En multaj eksperimentoj, estas facile akiri neatenditajn efikojn malaltigante la restnombron sub 20.
2. Malpliigu la nombron da hidrofobaj restaĵoj
Peptidoj kun granda superrego de hidrofobaj restaĵoj, precipe en la regiono 7-12 restaĵoj de la C-finaĵo, kutime kaŭzas sintezajn malfacilaĵojn.Tio estas vidita kiel neadekvata kombinaĵo ĝuste ĉar B-falda folio estas akirita en la sintezo."En tiaj kazoj, povas esti utile konverti pli ol du pozitivajn kaj negativajn restaĵojn, aŭ meti Gly aŭ Pro en la peptidon por malŝlosi la peptidan komponadon."
3. Malsuprenregulado de "malfacilaj" restaĵoj
"Estas kelkaj Cys, Met, Arg, kaj Try-restaĵoj kiuj ĝenerale ne estas facile sintezitaj."Ser tipe estos utiligita kiel neoksidativa alternativo al Cys.
Dezajna skemo kaj solvo de polipeptida peptida ĉeno

Trie, plibonigu la ĝustan elekton de solvebla en akvo
1. Alĝustigu la N aŭ C-finaĵon
Rilate al acidaj peptidoj (tio estas, negative ŝargitaj ĉe pH 7), acetilado (N-finaĵa acetilado, C-finaĵo ĉiam konservante liberan karboksilgrupon) estas precipe rekomendita por pliigi la negativan ŝargon.Tamen, por bazaj peptidoj (tio estas, pozitive ŝargitaj ĉe pH 7), aminado (libera aminogrupo ĉe la N-finaĵo kaj aminado ĉe la C-finaĵo) estas precipe rekomendita por pliigi la pozitivan ŝargon.

2. Tre mallongigi aŭ plilongigi la sinsekvon

Kelkaj el la sekvencoj enhavas grandan nombron da hidrofobaj aminoacidoj, kiel ekzemple Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr kaj Ala, ktp. Kiam tiuj hidrofobaj restaĵoj superas 50%, ili kutime ne facile solviĝas.Povas esti utile plilongigi la sekvencon por plue pliigi la pozitivajn kaj negativajn polusojn de la peptido.La dua opcio estas malsuprenreguligi la grandecon de la peptidĉeno por pliigi la pozitivajn kaj negativajn polusojn subreguligante la hidrofobajn restaĵojn.Ju pli forta estas la pozitivaj kaj negativaj flankoj de la peptida ĉeno, des pli verŝajne ĝi reagas kun akvo.
3. Enmetu akvosolveblan restaĵon
Por iuj peptidaj ĉenoj, la kombinaĵo de iuj pozitivaj kaj negativaj aminoacidoj povas plibonigi la akvosolveblecon.Nia kompanio rekomendas la N-finaĵon aŭ C-finaĵon de acidaj peptidoj kombini kun Glu-Glu.La N aŭ C-finstacio de la baza peptido ricevis kaj tiam Lys-Lys.Se la ŝarĝita grupo ne povas esti metita, Ser-Gly-Ser ankaŭ povas esti metita en la N aŭ C-finstacion.Tamen, ĉi tiu aliro ne funkcias kiam la flankoj de la peptida ĉeno ne povas esti ŝanĝitaj.